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産休に入るに給料が出なくなる事から住民税の半端分の支払いを会社から…

産休に入るに給料が出なくなる事から住民税の半端分の支払いを会社から振込票を貰いまとめて現金で支払いました。
そしたら、今月の半ばに市役所から会社に連絡があり１ヶ月分余分に支払っていたそうです。
そのため１ヶ月を5/20に払い戻すとの事でしたので、今日口座を確認したら、給料として振り込まれていました。 (6500円程です)
この場合、収入とみなされて 育休中の手当が減ってしまいますか？

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