主人の家が自営業で、お店と家が別なのですがどちらも古くなり、リフォ…

主人の家が自営業で、お店と家が別なのですがどちらも古くなり、リフォームをしようと思っています。
まだ先のことですが、お店と家を一つにして三階建てとお店はお店で三階建て、家は家で二階建てにするのではどちらが後々の税金等安く住むのか悩んでいます。
どなたか税金等に詳しい方教えて頂けないでしょうか。
リフォームでも二件分なので、億超えるとは思っています。
よろしくお願いします。