ふるさと納税の確定申告で追徴課税が発生し、市役所で対応したが不安。追徴金の理由や今後の対策について知りたい。

今回実際にされた市の申告をするというのが一番良い方法だったと思います！
市役所からの源泉は未調整だったので、その段階ではmayuさんの最終的な所得税額はまだ確定していません。
なので確定申告をして、2ヶ所の給与収入を合算して所得税額を算出しなければなりませんが、そうするとふるさと納税の寄付金控除を行ったとしても追徴課税6,000円になってしまったみたいですね。
本来はそれだけの所得税を納めないといけないんです。
しかし例外があって、2ヶ所目の給与収入の金額が20万円以下だった場合は、少ない金額だし、便宜的に確定申告はしなくてもいいということになっています。
ただし確定申告の義務自体はありませんが、医療費控除やふるさと納税で確定申告をする場合は、1ヶ所目の給与収入だけで医療費控除やふるさと納税をするというのは認められなくて、2ヶ所目の給与収入も合算した上で確定申告しないといけません。
いわゆる「いいとこどり」はできないということです。

なので、mayuさんの場合は確定申告をしてしまうと、ふるさと納税の寄付金控除をしたとしても、所得税に関してはかえって損をしてしまうことになります。

ふるさと納税でよく聞く自己負担が2,000円で済むというのは、ふるさと納税の寄付金控除を受けることによって（ふるさと納税の寄付金-2,000円）分の金額だけ所得税と住民税が安くなるということです。
市の申告だけを行うことで今回、所得税は安くならないけど住民税のほうだけでも寄付金控除を受けて安くすることができています。
ふるさと納税の恩恵を最大限受けることはできてませんが、今回のケースだとそれが一番税金が安くなる方法です。

来年も同じように2ヶ所から給与収入があるけれどふるさと納税をするつもりなら、ふるさと納税についてはワンストップ特例を使ったほうがいいと思います。
ふるさと納税をする時にワンストップ特例を選択すると、確定申告をせずにふるさと納税の寄付金控除が受けられます。
確定申告をする場合は所得税と住民税税の両方で寄付金控除が行われますが、ワンストップ特例の場合は、所得税はなしで全額住民税から寄付金控除が行われるので、mayuさんのように確定申告をしたくない人は、ワンストップ特例を利用したほうがふるさと納税の恩恵を最大限に受けることができます。

• 2月15日